Le retour de Timeless Child a été très controversé, mais avec Doctor Who : Flux, Chibnall met en place un changement encore plus important dans la continuité de la série.
Docteur Who : Flux se dirige vers une reprise encore plus importante que The Timeless Child. La 13e saison de l'émission, intitulée Flux , raconte une seule histoire répartie sur six épisodes, suivant le Docteur alors qu'elle se bat pour arrêter une force appelée Flux, qui menace l'univers lui-même. Docteur Who : Flux est la dernière saison complète de Jodie Whittaker et du showrunner Chris Chibnall, qui devraient tous deux quitter la série après une série de spéciaux en 2022.
Le temps de Chibnall en tant que showrunner a été très conflictuel. Alors que le casting de Whittaker dans le rôle Docteur Who première femme Docteur a été largement célébrée, la série elle-même a été largement critiquée tant pour la qualité de l'écriture que pour les libertés prises avec le canon de la série. Avant Docteur Who : Flux , le retour de Timeless Child s’est imposé comme le changement le plus important et le plus controversé, réécrivant essentiellement l’histoire du Docteur. Bien que le changement ait réussi à créer une tournure choquante, de nombreux téléspectateurs ont été mécontents de la révision radicale de la continuité de l’émission.
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Alors que le temps passé par Chibnall à la barre a jusqu’à présent été défini par le retour de Timeless Child, Docteur Who : Flux se prépare à éradiquer tous Docteur Who histoire en déplaçant le spectacle dans un univers alternatif. Bien que voyager dans un univers parallèle soit un vieux chapeau pour la série, l'un de ces voyages formant un bref arc pendant le passage de David Tennant dans Docteur Who , Chibnall semble sur le point de détruire complètement l’univers original de la série. Alors que Timeless Child a effacé l’histoire du Docteur, cette fois Chibnall a toute l’histoire de la série en ligne de mire.
Flux met en place un scénario dans lequel le Docteur devra abandonner l'univers lui-même pour survivre. Saison 13, épisode 5, Survivors of the Flux a finalement établi quelques détails concrets sur la mystérieuse organisation gallifreyenne connue sous le nom de Division. La division fait référence à la division entre les univers, la division agissant comme une force puissante dans l'ensemble du multivers. Division a libéré le Flux comme moyen de détruire l'univers du Docteur, et le Flux ne fera que ravager davantage l'univers, avec de moins en moins de choses à sauver. La seule chance de survie du Docteur pourrait être de laisser l'univers lui-même derrière lui, et le canon entier de Doctor Who avec ça.
Il ne semble pas non plus que le Docteur s’échappera vers un univers parallèle légèrement différent. S'adressant au Docteur, Tecteun décrit le Docteur comme un virus dans ce qu'on appelle l'Univers Un. La présence intrusive du Docteur menace Division et ils sont prêts à détruire l’univers entier pour l’arrêter. Si The Doctor est un virus et que Division est prête à changer d'univers pour mettre fin à l'influence du Docteur, cela signifie que ce nouvel univers ne doit pas du tout avoir The Doctor. Ce n’est pas simplement un saut vers un autre univers où tout est pareil sauf un ciel rempli de zeppelins, c’est une réinitialisation matérielle.
Si le Flux détruit l'Univers Un et que le Docteur s'échappe vers un nouvel univers, cela signifie que tout ce que le Docteur a fait jusqu'à présent disparaîtra. Tout impact que le Docteur a eu sur la Terre ou sur l'un des personnages de la Terre sera annulé. L’ensemble du canon existant de la série sera dissous par le Flux. Avec Docteur Who : Flux , Chibnall cherche peut-être à surpasser son propre retour de Timeless Chid et à quitter la série avec seulement une ardoise cosmique vierge.
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